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2024年，中国科学院对纪念馆进行系统改造升级，旨在进一步充实文物史料、优化展厅布局、强化育人功能。改造升级过程中，纪念馆深入挖掘收集大量具有珍贵历史价值、文化价值的重要档案史料和文物，包括部分“两弹一星”元勋的手稿和在重要历史场合穿过的服装、“两弹一星”研制过程中许多重要科研仪器设备的图纸和模型等。